Die Konföderation unabhängiger Systeme (kurz KUS) war eine Vereinigung vieler Wirtschaftskonzerne und Sternensysteme im Mid und Outer Rim, die sich im Jahre 24 VSY als Separatistenbewegung von der Galaktischen Republik loslöste, 19 VSY nahezu vollständig ausgelöscht wurde und sich schließlich in den Wirren des Galaktischen Bürgerkrieges neu gründete.
In den Jahrzehnten vor dem Untergang der Galaktischen Republik breitete sich besonders in Welten und Konzernen im Mid und Outer Rim eine gewisse Unzufriedenheit aus, da man sich von den Kernwelten gesellschaftlich, politisch und wirtschaftlich benachteiligt fühlte. Dies führte zunächst zu Reformbemühungen im galaktischen Senat, die jedoch durch die Opposition der Kernwelten und die langsam mahlenden Mühlen der Demokratie im Sande verliefen. 24 VSY fand unter der Führung von Count Dooku ein geheimes Treffen auf Geonosis statt, in dem die Gründung der Konföderation mit der Unterstützung einflussreicher Konzerne beschlossen wurde.
Darth Sidious spielte eine große Rolle bei der Entstehung der Konföderation. Nicht zuletzt hatte er Politiker beeinflusst, um eben jene Gesetze in Kraft setzen zu lassen, die die Bewohner des Mid und Outer Rim politisch und wirtschaftlich ausgrenzten. Auch wies er seinen Schüler Count Dooku, an, Hass gegenüber der Republik zu schüren. Er nutzte später die Klonkriege, um in der Republik politisch aufzusteigen und seine Macht erheblich weiter auszubauen.
Die Unabhängigkeitserklärung führte zu den Klonkriegen. Es kehrten sich noch viel mehr Welten von der Republik ab und schlossen sich der KUS an. Als sich der Krieg im Rahmen der Outer Rim Sieges dem Ende neigte, ließ Sidious Darth Vader die Separatistenanführer auf Mustafar töten und machte sich daran, die meisten Sternensysteme der KUS zurückzuerobern. In der Öffentlichkeit wurde die Kapitulation der KUS bereits 19 VSY propagiert, in Wahrheit kämpften versprengte separatistische Kräfte z.B. unter der Führerschaft des Geonosianers Gizor Dellso noch bis ins Jahr 11 VSY offen gegen das Imperium. Der Widerstand wurde danach nur noch im Untergrund und mit Guerilla-Taktiken fortgesetzt und war besonders im Outer Rim aktiv, wo der Einfluss des Imperiums nicht so groß war, wie im Inner oder Mid Rim. Es kam häufig vor, dass Aktionen der Allianz zur Wiederherstellung der KUS mit Aktionen der Allianz zur Wiederherstellung der Republik vom Imperium verwechselt wurden. Ihre Art zu Agieren unterschied sich nicht großartig.
Nach der Schlacht von Endor (4 NSY) führte die große Destabilisierung des Imperiums zu großangelegten Aufständen der Separatisten, die teilweise in recht blutigen Massakern endeten. Die Widerstandsgruppen hatten nur in wenigen Systemen Erfolg und manchmal auch nur wegen Deals mit den Gouverneuren. Insgesamt schloss sich allerdings ein nicht unwesentlicher Teil der separatistischen Widerständler der Neuen Republik an, während einige, auch schon ältere, Hardliner in der Neuen Republik nichts anderes als die Reinkarnation der verhassten Galaktischen Republik sahen. Den meisten Erfolg hatten die separatistischen Rebellen im galaktischen Südosten, in den Regionen Tolonda, Dustig, Trans-Nebula und Sarin.
Auch wenn der Anfang nur mäßig ermutigend war, gab es Hoffnung für die Bewegung. Die wiedererstarkte Handelsföderation erklärte sich bereit, sie für rabattierte, geringverzinste Beträge mit neuem Kriegsmaterial wie Kampfdroiden, Kampfpanzern, Truppentransportern, Droidenjägern und Schiffen zu beliefern. Innerhalb eines Jahres schaffte die Separatistenbewegung es, sich in einigen Systemen und Sektoren zu konsolidieren und den antiimperialen Widerstand in weiteren Systemen zum Erfolg zu führen. Die Handelsföderation ergriff wenig später die Initiative und gründete bei Zeitindex 100705 NSY die Konföderation unabhängiger Systeme unter ihrer Führung offiziell neu.
Zu Beginn des Jahres 6 NSY verschlechterten sich die Beziehungen zum Kernimperium zunehmend und es wurde mit einem Eroberungsfeldzug gedroht. Da sich die KUS noch nicht stark genug sah, um entscheidenden Widerstand leisten zu können, wurde auf Neimoidia eine folgenschwere Entscheidung getroffen: Der neimoidianische Sektor sollte vollständig geräumt werden. Sämtliches verwertbares Material und der Teil der Bevölkerung, der sich dazu bereiterklärte, mitzukommen, wurden Teil eines gewaltigen Exodus: Die KUS stellte fast alle ihre Schiffe zur Verfügung, um den Abtransport in das neue Kerngebiet des Staates im galaktischen Südosten durchzuführen und zu abzusichern. Nach einem halben Jahr war der Prozess abgeschlossen und die Kolonisierung von Planeten und Integration der Bevölkerung im neuen Kerngebiet begann. Der neimoidianische Sektor wurde hingegen aufgegeben. Ohne auf großen Widerstand zu stoßen, okkupierte das Kernweltenimperium den Sektor, fand jedoch neben ausgestorbenen Städten fast nur noch Pilzbauern und andere Agrarier vor. Die Planeten sind nur noch ein Schatten des vergangenen Luxus. Kein Neimoidianer würde je auch nur einen Creditchip liegen lassen.
Die Konföderation unabhängiger Systeme wird vom Parlament der Konföderation regiert, dessen Sitz zu Ehren des großen Anteils am Erfolg der Neugründung der KUS auf Neimoidia eingerichtet wurde. Aufgrund der politischen Lage im Jahre 6 NSY wurde der Regierungssitz jedoch nach Christophsis verlegt, der neuen Hauptwelt der KUS. Jede Mitgliedswelt hat je nach Wirtschaftsleistung eine gewisse Abgeordnetenzahl.